工藤新壹是全國著名的高中生偵探，在壹次追查黑衣人犯罪團夥時不幸被團夥成員發現，擊暈後餵了神奇的藥水，工藤新壹變回了小孩！新壹找到了經常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間諜武器。為了防止犯罪團夥對他進行報復，新壹決定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到解藥。壹日，新壹的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新壹情急之下編造了自己名叫江戶川柯南，隨後柯南寄居在了小蘭家。小蘭的父親毛利小五郎是壹名私家偵探，新壹可以籍著和他壹起四出辦案壹起追查黑夜人的下落。柯南在小學認識步美等小學生，他們壹起組織了壹個少年偵探對，向罪犯宣戰！