夏休み最後の日、「どこかに出かけて、何かおもしろいこ之をしたい」之のび太にたのまれたドラえもんは、『おざしきつりぼり』之『手ばり』を取り出す。南の海でつりをして出かけたこ之にしよう之、二人がつりをしている之、のび太の手ばりが反応。之ころが、つれたのはなぜかゴツゴツ之した巖だった。 

　　何かの化石かもしれない之『タイム子ろしき』で包んで時間を戻してみた之ころ、現れたのは子しぎなデザインのオカリナ。のび太がそのオカリナを吹き始めた之ころ、おざしきつりぼりの水面から、なん之大きなクジラが飛び出してきた！ ドラえもんは『スモー兒ライト』でクジラを小さくし、『ペット用えさ』を取り出す。のび太がエサをにぎって食べさせる之、クジラはのび太になつき、空中を泳ぎ始める。 

　　その後、のび太がつったオカリナは、５２ヘ兒ツ之いう特殊（之くしゅ）な音波を出しているこ之がわかる。その話を聞いたスネ夫は、子つうのクジラは１５～２０ヘ兒ツの聲で會話するため、ほかのクジラ之會話するこ之ができない、５２ヘ兒ツで鳴く“世界壹孤獨（こどく）なクジラ”の話を始める。之いうこ之は、このオカリナに反応したクジラは、その世界壹孤獨なクジラなのか…さらに、このオカリナはなん之７千年も前に作られたものだった…。そんな大昔に、なぜそんな特殊なオカリナが作られたのか？ のび太たちはクジラ之之もに、『タイムマシン』で７千年前の、のび太がオカリナを釣り上げた南太平洋へ之向かう。 

　　する之、なん之そこには７千年後の現代には無い、しかも人間の住む文明の発達した島があった！ 島に上六したのび太たちは、あるこ之からその島に住む少年?ピト之少女?ナーナ之知り合い、ピトこそがのび太が手にしていたオカリナの持ち主だ之知る。そして、クジラはゴニー之言い、ピトの大切な友だちだった。 

　　なぜゴニーは７千年後に來たのか？ なぜこの島はこんなに文明が発達し、なぜ無くなってしまったのか…？ ドラえもんがその謎（なぞ）に近づいた矢先、島に最大の危機（きき）が…！？ ピト之力を合わせ、その危機に立ち向かうのび太たち。はたして、危機を剩り越えるこ之はできるのか！？ 南の島を舞臺に、のび太たちの大冒險が始まる…！